Каква е разликата между конкурентна ендогенна РНК и ncRNA в ncRNA-miRNA-mRNA ос? Или просто са подобни?


Отговор 1:

TL; DR - ncRNA означава некодираща РНК. ceRNA е вид некодираща РНК.

В дълбочина обяснение - Това е дузи хаха. Да започнем с някои дефиниции, тъй като повечето хора, които четат това, вероятно нямат предистория, за да разберат въпроса без 20 минути гугъл.

РНК - ДНК не се използва от клетката директно за нашите цели тук. Вместо това ензим (машина на протеин), наречена РНК полимераза, превежда ДНК в иРНК. ИРНК обикновено е тази, която излиза във вашите клетки, казвайки на рибозомите (протеиновите фабрики) какви протеини да правят, и т.н. РНК прави и много други неща, повечето от които са обяснени по-долу или извън обхвата на този въпрос.

miRNAs - микро РНК са къси (22ish нуклеотиди) струни от РНК, които не кодират протеини, а вместо това имат други регулаторни функции. Без да навлизате прекалено в подробности, miRNA могат да се използват за регулиране на експресията на протеин чрез свързване към mRNAS. иРНК е това, за което обикновено се сещате, когато чуете РНК - копие на ген в ДНК, което се изпраща в клетката, за да направи корелиращия протеин или да направи каквото и да прави гена. Изглежда си спомням, че миРНК от време на време се изнасят от клетки като пратеници, но това е извън обхвата на въпроса, така че няма да се притеснявам да преследвам пример.

Източник на изображението

Конкурентна ендогенна РНК (ceRNAs) - Те регулират някои транскрипти на РНК, като се конкурират за miRNA. По-специално, те са теоретично да се свързват към miRNA по същия начин, както би миРНК целевата иРНК, като по този начин секвестрираха ("използвайки") миРНК.

некодираща РНК - ncRNA обикновено служи за някаква цел, различна от производството на протеин. miRNA и ceRNA са технически ncRNA.

Следвайте ме надолу по заешката дупка за минута, защото това може да не е познато на някои хора. Нещо задейства клетката да трябва да направи нещо, включващо ДНК. Въпросният ген се копира в иРНК от РНК полимераза и се изпраща от ядрото към рибозоми. Рибозомите са протеиновите фабрики, които превръщат тРНК в протеини. Протеините са градивните елементи на клетките; може би 70% от сухото тегло на типичната човешка клетка са протеини.

Понякога клетката не иска да направи много от иРНК. Може би тРНК кодира нещо, което винаги трябва да е готово да направи в момента, но не иска постоянно да прави, защото е разточително. Въведете miRNA. miRNA се свързва към иРНК по същия общ начин, по който две ДНК вериги се свързват помежду си. Ако miRNA е свързана с иРНК, рибозомите (протеиновите фабрики) не могат да използват мРНК, защото те няма да се поберат на нейната „конвейерна лента“. МРНК все още съществува, но не може да се използва за нищо, защото е свързана в клетката. В биохимията наричаме това секвестиране. тРНК, която е свързана с miRNA, е двустранна РНК (dsRNA). dsRNA обикновено е насочена към бързо разграждане, тъй като някои вируси я използват, но не винаги.

miRNA регулира генната експресия чрез секвестриране на иРНК, спира спирането на тРНК (първият продукт на даден ген) от трансформацията на рибозомата в протеин (крайния продукт или поне началото на крайния продукт). ncRNA може в действителност да свързва miRNA с по-висок или съпоставим афинитет към mRNA, като по този начин секвестира миРНК. Така miRNA понижава експресията на гена, но ncRNA понижава регулатора, като по този начин урегулира експресията на гена.

Е, ти попита.

Така че за целите на този конкретен пример, ceRNA и ncRNA са взаимозаменяеми, тъй като ceRNA е вид ncRNA. Те не винаги са взаимозаменяеми - точно в този конкретен пример. Надявам се това да помогне.

Ето малко четене на литература, което го обяснява до известна степен: Изграждането на lncRNA-miRNA-mRNA мрежи разкрива функционални lncRNA в аневризма на коремната аорта